如前所述，经自然选择积累起来的连绵不断的单元基因突变，是种系渐变论的基础。而今新的理论可以解释时断时续的、呈跳跃式的进化现象。边缘隔离种群只需几个世代的时间就能导致物种形成所需的重大染色体变化。因此，物种的形成可能更依赖于基因调节和重排，而不像种系渐变论所认为的依赖于基因突变产生新基因。而且重大表型变化可能是由调节性基因定时作用的变化引起的，从而导致新物种的形成。―――――脑的进化
古尔德提出了间断平衡理论，其影响之一是在生物学里修复了生物体(organism)的概念。这一概念通常为种系渐变论的还原论观念所忽略。种系渐变论认为遗传变异为自然选择提供了物质基础，而生物进化的走向则完全是由自然选择来决定的。而在间断平衡理论看来，跃变发生在任何自然选择作用之前，自然选择只对已经生成的新物种起作用。个体发生在前，自然选择在后。生物体是’以有趣而复杂但又可以理解的方式来左右它们自己的命运的。进化生物学应该重新启用生物体的概念’。―――――脑的进化
与种系渐变论(认为适应性自然选择对随机点突变起关键调控作用)相反，上述间断平衡理论所提出的跃变性物种起源不是适应性的。隔离种群繁衍伴随大量快速跃变性基因突变发生在先，而并非自然选择适应的结果。古尔德甚至争辩道，尽管跃变性物种形成也为随后的自然选择提供了物质基础，但这两种理论实在是大相径庭的。种系渐变论认为，点突变导致局部种群拥有变异遗传因子，这个过程是连续不断的、极其缓慢的，通过自然选择而呈适应性的。而间断平衡理论则认为，跃变性的新物种形成是不连续和非适应性的，自然选择只是起了辅助性的作用。―――――脑的进化
埃尔德雷奇和古尔德提出了“异域物种形成”(allopatric speciation)的理论。他们认为，“只有当一个局部小群落栖息于其祖辈生活区的边缘地带而且与其祖辈隔绝的情况下，新的物种才能产生。这样的局部小群落被称为‘边缘隔离种群’(peripheral isolates)。如果各种‘隔离机制’(isolating mechanisms)能够阻止新基因型在未来遭遇其祖辈时其基因流回归到起始状态的话，一个边缘隔离种群才会演变成一个新物种。因此按地域隔离理论，新物种的化石不会出现在其祖辈的栖息地。”―――――脑的进化
跃变性物种形成很有可能产生具有极端特征的怪物。饶有讽刺意味的是，这种怪物被称为“好希望怪物”(hopeful monster)。虽然其生存与否可能由自然选择来决定，但对好希望怪物的起源和发展趋势的本质性约束却并不能套用自然选择模型来解释。它的出现是自身遗传继承下来的个体发生机制的结果。―――――脑的进化
埃尔德雷奇和古尔德推测，与物种存活期相比，新物种的发生历时甚短。而且栖息于边缘地带的新物种就算有朝一日回到祖辈生活区，它们也会同域共处，而不会杂交繁殖。化石记载也印证了这一点。这样物种长期停滞的平衡态不时地被异域物种形成所打破。这就是所谓的“间断平衡”(punctuated equilibria)。―――――脑的进化